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Cosmic Era 73. A seguito della battaglia di Jachin Due Natural e Coordinator vivono in pace. In questo clima di reciproci sospetti, sotto gli occhi di Gilbert Dullindal, nuovo Presidente del Consiglio Supremo di PLANT, e Cagalli Yula Athha, capo di stato di Orb, Phantom Pain, una misteriosa task-force, sottrae a ZAFT tre nuovi prototipi di Mobile Suit. Solo l’intervento Shinn Asuka impedirà a Cagalli e Athrun di rimanere seriamente feriti.